En reunión conventual los nuevos Padres que han venido a formar comunidad piden información sobre CEINCA (Centro Informático Colegio Agustiniano) y se dijo que la actual situación de inactividad se debe a la pasividad organizativa del nombrado director de dicho Centro que es buen técnico en informática, pero sin cualidades para organizar los cursos. Se pidió que se pusiera en marcha el Centro. Así mismo se expresó la inquietud por la remodelación de la planta física del Colegio y de la Comunidad, que apenas se han tocado desde sus orígenes, y que requieren actualización para dar los servicios requeridos hoy día.
Durante este período se reconstruyen de nuevo los servicios de varones de la primera planta que estaban muy deteriorados quedando unos servicios muy dignos para el Colegio.
En reunión conventual tenida el 15 de octubre de 1998 el asunto propuesto por el Prior de la casa fue el Colegio Agustiniano. Comentaba que el funcionamiento del Colegio era vital para nosotros, como comunidad agustiniana a la que la Provincia ha encomendado esta misión, y vital para la permanencia de los agustinos en La Vega. Que el Colegio no va bien es un hecho: la matrícula ha descendido en ocho años de 1.184 alumnos a 710. Del curso pasado a este, en números absolutos, se han ido alrededor de 100 alumnos. Según comentaba el Prior, no se habla bien del Colegio Agustiniano. Entre las causas recogidas indirectamente se cuentan: es el Colegio más caro de La Vega; el Director es inaccesible; la comunidad religiosa vive en su “torre de marfil” del tercer piso y no desciende. La falta de humanidad en los dos últimos directores, especialmente con el profesorado; el párroco que continua ocupando el despacho del Director y a menudo también sus tareas; Situación poco comunitaria del Director, tanto hacia la comunidad religiosa como hacia el Colegio.
Aunque se constató la realidad del descenso del alumnado, se dijo que la planta física del Colegio no está para acoger ni siquiera a 1000 alumnos, y pasar de 800 es todo un problema para el Director y los Profesores. Por otra parte tanto el Administrador anterior lo mismo que el Director actual han hecho una depuración económica, ya que se marchaban más de 500.000 pesos en becas de alumnos que podían pagar y no pagaban.
Los comentarios, no tan sólo al Director sino a la comunidad religiosa son comentarios que siempre han existido, incluso en años atrás eran mucho más fuertes.
La situación existente entre el director y su relación con los profesores y empleados se indicaba que el carácter del Director podía chocar con el de los profesores. Pero también se comentaba que el Director no estaba para resolver los problemas de los profesores, por ejemplo, imponer disciplina en clases, etc. Los profesores mencionan poca comunicación, pero cuando han solicitado cualquier ayuda no se les ha negado y cuando han tenido algún problema siempre se les ha escuchado.
Se nos acusa de ser el Colegio más caro, con relación a otros Colegios privados, y en este caso con el Colegio regido por religiosas. Esto tiene una razón de ser: en primer lugar, somos un Colegio que tiene un prestigio que hay que mantenerlo; en segundo el Colegio mencionado tiene una serie de religiosas que trabajan en él que no tienen paga, o si la tienen es para la comunidad, y nosotros no contamos con esa situación.
En reunión tenida el 26 de enero de 1999 se habló de la sala de visitas del Colegio, diciendo que estaba impresentable. Se propuso un proyecto para arreglarla y adecentarla. Aunque pasó un tiempo, hasta que se decidió que el Párroco de San Agustín tuviera su oficina en la sala de visitas del Colegio y que se hicieran dos nuevas oficinas en el segundo piso una para el asesor religioso del Colegio y otra como sala de visitas.